由于中药材的特殊性，它的采摘、炮制、运输、贮藏、灭菌都有特殊的要求。为防止中药材在贮藏过程中长虫、霉变、变质，采集后的药材往往需要经清洗、干燥、灭菌后才能储存。对于中药材的干燥，传统工艺往往采用烘干、火烤、太阳晒等法，这些方法耗费时间长、加热均匀性差，特别是对体积大的药材，可能表面已经干透了，但内部湿度仍然较大，导致药材在储存过程中变质损坏。另外由于干燥时间长、温度高，有的药材可能变质、变色，有效成份遭到破坏，影响到最终产品疗效。 
     中药材本身往往携带有大量的微生物，有些药材在储存前不经灭菌，储存过程中受多种因素影响，微生物大量繁殖，有效成份被破坏，对药材质量造成极大影响，且对一些价格昂贵的药材必然造成很大的经济损失。另外，中药材的灭菌情况还影响到饮片及中成药的质量状况。

     微波能穿透到介质的深部，可使介质表里一致地加热。微波加热物料与传统加热法相比，具有以下优点：（1）整体加热速度快，加热均匀。传统加热都是利用热传导、对流、热辐射等方式将热量首先传递给被加热物料的表面，再通过热传导使中心温度升高，时间缓慢，且有可能存在加热不均匀。微波在极短的时间内穿透到物料的内部，并在其内部进行传播，电磁能直接作用于物料分子使之发热，不需要热传导，使物料加热均匀、快速。（2）微波加热是选择性加热，它只对吸收微波的物料直接加热。不同物质对微波的吸收不同，由极性分子组成的物质，能较好地吸收微波，而由非极性分子组成的物质。（3）微波只对物料加热，环境热损耗低、高效节能、无污染。（4）加热过程操作简便，适宜自动控制。微波辐射灭菌作为一种新兴的灭菌方法，具有时间短，起效快，无污染等优点，目前已被广泛用于各个领域，如食品、农业、制药业等。